ezDyson

link: http://iopenshell.usc.edu/downloads/ezdyson/

ezDyson ir C++ kodu, kas aprēķina absolūto photodetachment/ photoionization šķērsgriezumi, photoelectron leņķiskais izvietojums (Spilventiņi), un anisotropy parametri (β), izmantojot Dyson orbitals aprēķina, izmantojot ab initio programmu. Aprēķins ir balstīts uz šādas aptuvenas vērtības: (1) vāja lauka robežu, t.i., photodetachment vai photoionization ir apstrādāti perturbative režīmu; (2) dipols tuvināšanu, tas ir, pieņemot, ka viļņu starojuma lauks ir garāks par izmēru molekulas un, ka process ir viens-fotonu (pirmais secībā kritums teorija); (3) pēkšņi tuvināšanu, tas ir, mēs ignorējam mijiedarbību starp izmesti photoelectron un atlikušais kodols, elektroni; (4) spēcīgu orthogonality stāvoklī, t.i., nepārtrauktu orbītas ir taisnleņķa, lai visas valstis, kas no sākotnējās sistēmas. Mēs izmantojam plaknes viļņi vai Kulona viļņi, lai aprakstītu nepārtrauktu valsts photoelectron.

Dyson orbitals ir definēta kā pārklāšanās starp N elektronu molekulārā wavefunction un N-1 elektrona viļņu funkcija jonizētu sistēma:

Eq1

Tie satur visu informāciju par jonizētu sistēmai, kas nepieciešama, lai aprēķinātu atšķirību šķērsgriezumu:

Eq2

ja DkJF ir photoelectron dipols matricas elements, kas savieno sākotnējo un galīgo viļņu funkcijas:

Eq3

Ar photoelectron ir aprakstīts ar plaknes vilnis vai Kulona vilnis sadalījušies daļēju viļņi pamata, |E,l,m>, kas satur radiālās funkcijas, Rkl (lodveida Besela funkcijas vai Kulona Radiālās funkcijas) un lodveida harmonikas YIm.

Kods ir nepieciešama informācija no kvantu ķīmijas aprēķinu (ģeometrija, atomu pamata komplekts), ziņas par eksperimentu (lāzera polarizācijas, jonizācijas enerģija, molekulu orientācijas, diapazons elektrona kinētiskā enerģija), koeficienti, par Dyson orbītas atrodas AO pamats un norma Dyson orbītas. Ar ezDyson ievade ir xml formātā. Tas var būt sagatavoti manuāli, vai Python interfeisu var izmantot, lai izgūtu datus no elektroniskā struktūra programma. Python saskarni, kas pašlaik nodrošina tikai Q-Chem rezultātu. Dyson orbītas aprēķini ir īstenota, izmantojot vienādojumu – kustības apvienojumā-klastera (EOM-CC), suite metodes Q-Chem. Informāciju par teorētisko modeli, ko izmanto, kā arī benchmark rezultāti ir atrodamas šādas publikācijas:

[1] C. M. Oana un A. I. Krylov, J. Chem. Fiz. 127, 234106 (2007)
[2] C. M. Oana un A. I. Krylov, J. Chem. Fiz. 131, 124114 (2009)
[3] S. Gozem, A. O. Gunina, T. Ichino, D. L. Osborn, J. F. Stanton, un A. I. Krylov, J. Phys. Chem. Lett. 6, 4532-4540 (2015. gads)

Svarīgi: mūsu agrīnai Dyson orbitāļu ieviešanai (Q-Chem Cmn modulī) radās kļūda, kas noveda pie nepareizām normām. Pareiza ieviešana pašlaik ir modulī ccman2 un tika atbrīvota ar Q-Chem 4.3 versiju. Mēs piedāvājam vairākus python skriptus, kas darbojas ar ccman2 Dyson kodu Q-Chem 4.3 versijā. Sazinieties ar ezDyson rokasgrāmatu, lai saņemtu norādījumus par to, kā izmantot šos skriptus, un Q-Chem lietotāja rokasgrāmatu EOM-CC Dyson orbitālajiem aprēķiniem.

Versija 4.0, ezDyson ievieš vairākas svarīgas kļūdu labojumi un uzlabojumi. Atjauninātu rokasgrāmatu sarakstu šīs izmaiņas. Lūdzu, skatiet rokasgrāmatā sīki teorētiskais pamatojums, instrukcijas darbojas ezDyson, un apraksts par ezDyson ieejas un izejas failus.

Lejupielādēt ezDyson: ezdyson.v4.tar.gz
Lejupielādēt rokasgrāmata: ezDysonManual_v4.pdf

Lai instalētu, izpilda:
darvas xzf ezdyson.v4.tar.gz

Linux izpildāmo ir paredzēts. Tomēr, kodu var viegli recompiled citām platformām, izmantojot atbilstošus makefile.

Sākotnējā redakcijā kods izstrādāja Dr. Melania Oana. Dr. Evgeny Epifanovsky un Dr. Ilya Kaliman palīdzēja parallelize kodu. Dr. Kadir Diri un Anastasija Gunina palīdzēja izstrādāt rokasgrāmatu. Ar ccman2 īstenošanu Dyson orbitals izstrādāja Anastasija Gunina un Tomek Kuš, ar palīdzību Dr. Evgeny Epifanovsky. Dr. Takatoshi Ichino un Prof. John Stanton palīdzēja, lai apstiprinātu īstenošanu. Šis darbs tika finansēts ar Nacionālā Zinātnes Fonda un Enerģētikas Departamenta.

Atzīt ezDyson izmantot šādu citātu:
“S. Gozem un A. I. Krylov, ezDyson, http://iopenshell.usc.edu/downloads/ezdyson”
un
“Šis darbs tika veikts, izmantojot resursus no iOpenShell Centrs Skaitļošanas Pētījumus par Elektronisko Struktūru un Spektroskopijas Open-Shell un Elektroniski Satraukti Sugas (http://iopenshell.usc.edu).”